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怎样把cif文件转换为STRU文件?

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发表于 2022-12-2 20:03:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 HongriTianqi 于 2022-12-2 20:08 编辑

这里提供一种方式,即使用ABACUS开发者写好的ASE-ABACUS接口:https://gitlab.com/1041176461/ase-abacus
一个转换脚本如下:
  1. from ase.io import read, write
  2. from pathlib import Path

  3. cs_dir = './'
  4. cs_cif = Path(cs_dir,'SiO.cif')
  5. cs_atoms = read(cs_cif, format='cif')
  6. cs_stru = Path(cs_dir,'STRU')
  7. pp = {'Si':'Si.upf','O':'O.upf'}
  8. basis = {'Si':'Si.orb','O':'O.orb'}
  9. write(cs_stru,cs_atoms,format='abacus',pp=pp,basis=basis)
复制代码

其中 SiO.cif 即为要转换的cif文件,pp和basis分别指定选定的赝势和轨道文件,成功之后输出STRU文件。
内容来自:http://abacus.deepmodeling.com/en/latest/community/faq.html

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发表于 2023-11-27 18:19:22 | 显示全部楼层
另一种方式是王伟博士等人(VASPKIT开发者)正在开发的ATOMKIT跨平台建模软件
使用ATOMKIT的101功能可以快速完成结构转化。
ATOMKIT网址:http://vaspkit.cn/index.php/306.html
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发表于 2024-5-20 15:45:12 | 显示全部楼层
你好,请问为什么安装完成后运行脚本会出现ase.io.formats.UnknownFileTypeError: abacus的问题
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发表于 2024-5-27 22:58:04 | 显示全部楼层
huhaha 发表于 2024-5-20 15:45
你好,请问为什么安装完成后运行脚本会出现ase.io.formats.UnknownFileTypeError: abacus的问题
...

可以查看已安装的ASE支持的格式,没有abacus的就重新确定下载安装,可以打开源程序文件./ase-abacus/ase/io/formats.py查看是否有abacus的格式
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