怎样把cif文件转换为STRU文件？

HongriTianqi

这里提供一种方式，即使用ABACUS开发者写好的ASE-ABACUS接口：https://gitlab.com/1041176461/ase-abacus
一个转换脚本如下：

1. from ase.io import read, write
   
2. from pathlib import Path
   
3. 
   
4. cs_dir = './'
   
5. cs_cif = Path(cs_dir,'SiO.cif')
   
6. cs_atoms = read(cs_cif, format='cif')
   
7. cs_stru = Path(cs_dir,'STRU')
   
8. pp = {'Si':'Si.upf','O':'O.upf'}
   
9. basis = {'Si':'Si.orb','O':'O.orb'}
   
10. write(cs_stru,cs_atoms,format='abacus',pp=pp,basis=basis)

复制代码

其中 SiO.cif 即为要转换的cif文件，pp和basis分别指定选定的赝势和轨道文件，成功之后输出STRU文件。
内容来自：http://abacus.deepmodeling.com/en/latest/community/faq.html

量子御坂

另一种方式是王伟博士等人（VASPKIT开发者）正在开发的ATOMKIT跨平台建模软件
使用ATOMKIT的101功能可以快速完成结构转化。
ATOMKIT网址：http://vaspkit.cn/index.php/306.html

huhaha

你好，请问为什么安装完成后运行脚本会出现ase.io.formats.UnknownFileTypeError: abacus的问题

ijklmn

huhaha 发表于 2024-5-20 15:45
你好，请问为什么安装完成后运行脚本会出现ase.io.formats.UnknownFileTypeError: abacus的问题
...

可以查看已安装的ASE支持的格式，没有abacus的就重新确定下载安装，可以打开源程序文件./ase-abacus/ase/io/formats.py查看是否有abacus的格式